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抗菌肽依它的结构可以分为多种类型，可以将其分为5类：
(1)肽链无胱胺酸残基的α-螺旋，或者由无规矩打卷连接的2段α-螺旋所构成的肽；
(2)带有一些氨基酸残基但是没有胱胺酸残基的抗菌肽；
(3)含1个二硫键的抑菌活性肽；
(4)有2个或2个以上二硫键、具有β-伸缩结构的抗菌肽；
(5)由其他已经知道作用的很大的活性肽衍变而来的具有抑菌活性的肽。在这其中最初提取出来到的Cecropins和从非洲爪蟾中分离到的Magainins等属于第一类抗菌肽，一般也将其称之为Cecropin类抗菌肽，现如今对该类抗菌肽的科学研究也较深层次。
二，按照由来分类
抗菌肽可以将其分为6类：
（1）虫类抗菌肽昆虫是物种最大的生物种类,抗菌肽总数无法估算。如今,仅仅在鞘翅目、双翅目、鞘翅目和蜻蜒目等8个目地虫类中发现超出200各种各样虫类抗菌肽类化合物,单从家蚕这一种虫类赢得了40个抗菌肽遗传基因。
（2）哺乳类动物抗菌肽1989年,首次从猪小肠中提取出来到哺乳类动物抗菌肽CecropinP1。现如今,从猪中剥离出最少18种,羊中最少30种,牛中最少30种抗菌肽。人们人体内发现的防御素属于抗菌肽中的一个家族,依据其氨基酸空间布局和代谢位置之间的区别又分为三大类:人α-防御素(humandα-defensin)、人β-防御素(humanβ-defensin,HβD)、人θ-防御素(humanθ-defensin)[5],已经发现人防御素达35种以上,在这其中至关重要的防御素有10种。
（3）鱼类、无脊椎动物、甲壳动物小动物由来的抗菌肽1986年,从豹鳎提取出来到一种含有35个氨基酸残基抗菌肽Pardaxin是最逐渐从鱼类提取出来所获得的两亲性正离子α螺旋结构具备穿膜作用的活性肽,该肽是无机物神经毒素,由其肽衍化出一系列具备比蜂内毒素抑菌活性更强,溶血症活性相对较低的抑菌活性肽。1998年,报道了鲶(Parasilurusasotus)负伤时上皮细胞黏膜细胞层代谢一种19个氨基酸残基的组蛋白H2A抗菌肽parasinⅠ,具备广谱性强抑菌活性,其抑菌活性是蛙皮素mainin2的12~100倍。当前阶段,从鱼类提取出来获得49种之上抗菌肽。防御素是贻贝等深海无脊椎动物的关键抗微生物菌种肽,迄今为止看到的贻贝防御素依据其初级构造、特征和总共的胱胺酸编码序列分为Defensin、mytilin和myticin3种。虾经细菌感染后可引发各种各样基因的表达,这其中含有各种各样抗菌肽遗传基因。自1997年初次报道甲壳动物抗菌肽碳水化合物全编码序列至今,从甲壳动物小动物如草虾红细胞中剥离出各种各样抗菌肽。
（4）绿色植物抗菌肽植物之中也具备一些在结构上与虫类、哺乳类动物防御素构造相似的植物抗菌肽,将之称为绿色植物防御素。绝大部分绿色植物抗菌肽对植物病源具备优良活性,其中一部分绿色植物抗菌肽对革兰氏阳性菌、阴性菌、细菌、酵母菌及哺乳类动物体细胞都有毒副作用。Thi-onins是最逐渐从植物中提取出来的抗菌肽。
（5）细菌抗菌肽细菌抗菌肽又被称为细菌素(bacteriocin),包含正离子肽和中性化肽,革兰氏阳性菌和革兰阴性杆菌均可代谢。细菌中已经发觉的抗菌肽有杆菌肽(Bacitracin)、短杆菌肽S(GramicidinS)、莫匹罗星E(PolymyxinE)和乳链菌肽(Nisin)4种种类。当前阶段,APD数数据库当中就百度收录细菌拥有119种,在这其中乳酸菌链球菌感染肽nisin是通过乳革兰阴性杆菌所造成的含3~4个氨基酸残基的短肽,它是一种耐碱性化合物,即便在胃那样低pH环境中可靠性也是很高的,能抑止革兰氏阳性菌岁月如流状枯草芽孢菌和刘氏链球菌。Bacillusspp.所造成的杆菌肽mersacidin对“非常耐药菌”———耐甲氧西林链球菌(MRSA)拥有良好的抑止作用,依据腹部给药可以消除MRSA感染小白鼠血夜、肺、肝、肾、脾等内脏器官里的细菌,并且对小白鼠内脏器官并没有导致显著的危害。
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